1876年11月9日,野口英世出生在福島縣一個農民家庭。父親名為佐代助、母親名叫鹿(シカ)。幼名叫作「清作」。因為年幼時左手被火燒傷,手指都黏在一起。常受到歧視與欺負,卻不服輸而且勵志向學。因為成績優秀,成為當時學校的「生員」(代課老師),有時代替老師站上講台。雖然家境清貧,但在恩師小林榮的幫助之下,仍然能入讀高等小學。也由於周遭人們的幫助,得以為燙傷的左手動了手術。看了為自己治療的醫生渡部鼎的身影而立志於醫學。

1893年豬苗代高等小學畢業後,在血脇守之助的幫助下,進到東京芝的伊皿子坂上的高山齒科醫學院(今東京齒科大學)裏打雜,並在濟生學舍(今日本醫科大學)裏學習醫學。

1896年,20歲便取得醫生證書。

1898年,改名「英世」,並在高山齒科醫學院擔任講師。同一年,開始在北里柴三郎的北里傳染病研究所服務。

1899年,擔任西蒙·弗萊克斯納(Simon Flexner)博士來日的引導工作,探詢了遠渡美國的可能性。

1900年,經由北里柴三郎的介紹,到美國賓夕法尼亞大學擔任西蒙·弗萊克斯納博士的助手,開始了蛇毒的研究工作。

1904年,在洛克菲勒醫學研究所任職。

1911年8月,發表了「梅毒螺旋菌純粹培養成功」,他的名字也一躍轟動了世界醫學界,並且陸續發表了小兒麻痺的特定病原體及狂犬病的特定病原體等輝煌成果(在1914年、1915年因此被提名諾貝爾生理學醫學獎)。與美國人Mary Loretta Dardis結婚。

1915年9月,在橫濱港許多人迎接他的歸來,在日本期間受到許多邀請前往演講。這是他前往美國後首次回日本,也是最後一次回國。

1918年,為了研究黃熱病、奧羅亞熱、小兒麻痺症以及沙眼,野口英世頻繁地到中美洲與南美洲旅行。 1928年,野口英世為了研究黃熱病而前往西非的黃金海岸(今加納),試圖證明黃熱病的致病體是螺旋菌而非病毒。

1928年5月21日,由於感染黃熱病而在黃金海岸的阿克拉死去,享年51歲。

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