柴可夫斯基於1893年11月6日,即第六交響曲「悲愴」在聖彼得堡首演後九天死亡。他的遺體埋葬在聖彼得堡亞歷山大·涅夫斯基修道院的季赫溫公墓,作曲家亞歷山大·鮑羅丁和穆索斯基和格林卡的墓地也在附近。

大部分當時的學者都認為他死於霍亂,很有可能是因為在死前7天曾喝下受到污染的自來水。但是近幾十年來,另外幾種理論逐漸流行起來,一般都相信他自殺的可能性很大。他自殺的原因,可能是法學院校友會對同性戀的抵制運動導致。但也有學者認為他的死因主要是梅克夫人的疏遠,讓他灰心失意所致。

音樂史學家亞歷山德拉·奧爾洛娃(Aleksandra Orlova)在他未出版的《柴可夫斯基點滴》(Tchaikovsky Day by Day)一書手稿中,以口頭證詞做為證據來支持柴可夫斯基死於自殺的推論。他認為柴可夫斯基服用砒霜自殺,所以死亡日期和屍體處理才會遮遮掩掩,產生前後不一的說詞。然而,歐洛娃的論點缺乏書面上的證據,因此受到多方質疑,至今柴可夫斯基的真正死因還是個未解的謎。

英國籍作曲家麥克·芬尼希(Michael Finnissy)以柴可夫斯基生前的最後幾天與死亡為題,作了一部名為「羞恥罪衍」(Shameful Vice)的歌劇。

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