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全國祈禱日由國會於1952年通過立法設立。國會1988年對這部法律進行了修改，把全國祈禱日固定在每年5月的第一個星期四。在全國祈禱日到來前，總統要向全國發表公告，要求民眾在這一天走到神的面前祈禱、沉思。

2008年，威斯康辛州麥迪遜的一個由無神論者和不可知論者組成的團體“擺脫宗教基金會”(Freedom from Religion Foundation)把代表聯邦政府的總統告上法庭，指責全國祈禱日違反了憲法中政教分離的原則。擺脫宗教基金會認為，憲法第一修正案主張的是政教分離，並且保護公民的信仰自由。也就是說，公民有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由。

該基金會的共同會長安妮.勞裡.蓋洛(Annie Laurie Gaylor)表示，當初把總統告上法庭的原因是，全國祈禱日要求全體美國人在祈禱日那天聽從總統的命令，這完全無視占美國人口15%的無神論者的感受。

她說：“對於我們不信教的人來說，總統責令我們去祈禱。不光是祈禱，還設定了一整天去祈禱。我們不僅是被要求每年祈禱一次，還被要求去為什麼禱告。這有點兒荒唐。”